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Environnement

Accès au Cluster

La frontale du cluster est accessible à l'adresse zeus.univ-lille.fr. L'accès au cluster se fait par le protocole ssh :

ssh -X login@zeus.univ-lille.fr

Pour le transfert des données il faut utiliser les commandes scp ou rsync.

Pour les utilisateurs sous windows, ils peuvent utiliser le logiciel putty pour se connecter et les logiciels filezilla ou winscp pour le transfert des données.

 

Chaque utilisateur dispose de deux espaces de données pour ses calculs :

/home/login
/workdir/login

L'espace workdir (BeeGFS) est plus efficace pour les lectures-écritures de fichiers volumineux.

Le stockage de données sur le cluster est temporaire, les utilisateurs doivent régulièrement sauvegarder dans leurs laboratoires les données générées sur le cluster.

 

Modification du mot de passe

Lorsque vous modifiez votre mot de passe Université de Lille à partir de sésame, il faut compter une heure pour qu'il soit fonctionnel sur le cluster HPC / HTC.

Tant que ce délai n'est pas passé, il est tout à fait normal de ne pas réussir à se connecter au cluster.

 

La commande module

La commande module permet de lister et d'utiliser simplement les logiciels, librairies ou utilitaires installés sur le cluster.

Attention : les modules ne portent pas forcément le même nom que sur l'ancien cluster.

 

Pour lister l'ensemble des modules existants, il faut utiliser la commande :

module avail

Si un module vous semble manquant, n'hésitez pas à nous le faire savoir.

 

Pour charger un module, la commande est :

module load vasp/5.4.1/vasp

Cette commande charge l'ensemble de l'environnement nécessaire à l'exécution du code VASP, compilateurs inclus.

 

Pour lister les modules chargés dans votre terminal ou un script :

module list

 

Pour décharger un module chargé dans votre terminal ou un script :

module unload vasp/5.4.1/vasp

Cette commande va décharger l'ensemble des modules chargés par le module vasp/5.4.1/vasp, compilateurs inclus.

 

Enfin, certains modules peuvent avoir des greffons (bibliothèques supplémentaires).
Pour avoir des informations sur les bibliothèques supplémentaires installées dans un module, il faut utiliser la commande module help :

module help anaconda3/2018.12

 

Monitoring du cluster

Vous pouvez à tout moment consulter le monitoring des nœuds du cluster depuis le réseau de l'Université ou à travers la connexion VPN.

Ce service permet d'avoir une bonne vision de la congestion du cluster et de l'utilisation des ressources spéciales (cartes accélératrices, etc.).